Contrairement à une idée répandue, l'arrêt de travail pour maladie ne protège pas le salarié du licenciement.
On peut ainsi être licencié pour faute, pour insuffisance professionnelle ou encore pour motif économique alors même que l'on est en arrêt de travail pour maladie.
Ce n'est qu'en cas d'accident de travail ou de maladie professionnelle que le code du travail prévoit une protection contre le lienciement: seule la faute grave, ou la preuve de l'impossibilité (appréciée de façon stricte) de maintenir le contrat de travail permettent alors à l'employeur de procéder au licenciement du salarié.
Une procédure de licenciement pendant un arrêt maladie, et notamment un arrêt de moyenne ou longue durée, y compris sans aucune origine professionnelle, apparait cependant particulièrement suspecte, et la rupture sera considérée comme abusive dès lors que c'est parce que l'on était en arrêt de travail pour maladie que l'employeur a décidé de rompre le contrat de travail.
Le principe est donc simple: on peut être licencié alors que l'on est en arrêt maladie, mais on ne peut pas être licencié parce que l'on est en arrêt maladie.
Ce principe est cependant à nuancer puisqu'il existe deux cas de figure dans lesquels le licenciement est autorisé alors même qu'il est directement lié à l'état de santé du salarié:
- le licenciement pour inaptitude: lorsque le salarié est déclaré inapte par le médecin du travail à l'issue de deux visites médicales (une seule en cas de danger immédiat), et qu'aucun reclassement n'a pas pu intervenir, l'employeur peut procéder au licenciement pour inaptitude du salarié.
- le licenciement pour absences répétées ou absence prolongée: la maladie ne doit pas être un motif de licenciement en elle-même, en revanche, ses conséquences sur le fonctionnement de l'entreprise peuvent constituer un motif de rupture sous deux conditions, appréciées très strictement: ces absences répétées ou prolongées doivent perturber le bon fonctionnement de l'entreprise et rendre nécessaire le remplacement définitif du salarié.