Dans le cadre de l'examen en séance publique à l'Assemblée Nationale et en commission des finances, les principaux amendements suivants ont été adoptés le 7 décembre 2012.
1. Création du Crédit d'Impôt pour la Compétitivité et l'Emploi (CICE) : ce crédit d'impôt aura pour objet "le financement de l'amélioration de la compétitivité à travers notamment des efforts en matière d'investissement, de recherche, d'innovation, de formation, de recrutement, de prospection de nouveaux marchés" et les entreprises bénéficiaires devraient retracer dans leurs comptes annuels l'utilisation du crédit d'impôt (ce point devra être précisé car il suppose une affectation de l'utilisation du crédit d'impôt et risque d'être source de contentieux). L'amendement voté précise également que le crédit d'impôt ne pourra "ni financer une hausse de la part des bénéfices distribués ni augmenter les rémunérations des personnes exerçant des fonctions de direction dans l'entreprise".
Le CICE s'appliquerait aux rémunérations versées à compter du 1er janvier 2013. Il serait égal à 4% de la masse salariale brute inférieure à 2,5 fois le SMIC pour 2013 et à 6% de la même masse à compter de 2014. Il serait imputable sur l'IS ou l'IR et serait remboursable à l'issue d'un délai de 3 ans (ou immédiatement pour les PME au sens communautaire).
2. Relèvement des taux de TVA à compter du 1er janvier 2014 : le taux de 19,6% serait porté à 20%, celui de 7% à 10% alors que le taux réduit de 5,5% serait de 5%.
3. Régime du report d'imposition de la plus-value en cas d'apport de titres à une société contrôlée par l'apporteur : le régime optionnel du report d'imposition a été amendé et devient obligatoire. Le texte initial prévoyait la fin du report en cas de réinvestissement d'au moins 50% du produit de cession des titres par la société bénéficiaire de l'apport dans un délai de 5 ans. Le texte modifié prévoit désormais que la fin du report intervient en cas de cession dans les trois ans de l'apport et si la société prend l'engagement de réinvestir le produit de cession (dans une ou plusieurs entreprises) dans les deux ans de la cession. Si la cession intervient plus de 3 ans après l'apport, aucune obligation de réinvestissement ne serait mise à la charge de la société bénéficiaire initiale de l'apport. En cas de transmission à titre gratuit des tires reçus en contrepartie de l'apport, le régime serait maintenu si les donataires ne cèdent pas les titres dans les 18 mois et si la société respecte la condition de réinvestissement d'une fraction du produit de cession.
4. Régime des donations-cessions : le délai de 24 mois a été ramené à 18 mois (délai pendant lequel les titres reçus ne doivent pas être cédés pour bénéficier de la purge de la plus-value lors de la donation).
5. Exonération des SIIC de la taxe de 3% sur les distributions de dividendes intervenant en 2013 au titre de leurs obligations distributives. A ce stade, la pérennité de cette exonération n'est pas assurée, même si elle trouve une logique dans l'obligation légale à laquelle les SIIC sont tenues de distribuer une large part de leurs bénéfices. Il semblerait en effet que le gouvernement entende imposer aux SIIC de participer à l'effort de construction de logements neufs en contrepartie de quoi l'exonération pourrait se pérenniser.
6. Présentation obligatoire de la comptabilité sous forme dématérialisée en cas de contrôle : les députés ont modifié le texte initial pour prévoir que la copie des documents transmise par l'entreprise sera détruite par l'administration (et non plus à la demande du contribuable) et pour supprimer le caractère modulable de l'amende en cas de défaut de présentation de la comptabilit sous forme dématérialisée.