Délibération rétroactive conseil municipal

bonjour à toutes et tous, je suis nouveau sur ce forum mais j'en espère beaucoup...

Par une délibération du 13 avril 2016, un conseil municipal adopte la modification de la modulation du
régime indemnitaire des agents. Celle-ci est prévue pour prendre effet à partir du mois de janvier 2016. L'aspect rétroactif est alors dénoncé
(CE 25 juin 1948 - Société du journal "L'Aurore" [http://www.conseil-etat.fr/Decisions-Avis-Publications/Decisions/Les-decisions-les-plus-importantes-du-Conseil-d-Etat/25-juin-1948-Societe-du-journal-L-Aurore ] qui affirme la non-tétroactivité des actes administratifs comme un principe fondamental du droit)
tout autant que la subjectivité de la date "à partir du mois de janvier 2016" (imprécision). En même temps, une demande de recours gracieux est transmis au maire qui répond n'avoir pas la même lecture.
Mais l'insistance d'un syndicat ayant fait savoir dans le courrier transmis au maire la subjectivité de la date et la rétroactivité de la délibération pousse le conseil municipal à prendre acte et délibère à nouveau en février 2017 pour modifier la délibération. Cette dernière énonce "à partir du 1er janvier 2016".
Après une nouvelle demande de recours gracieux, sans réponse, le syndicat interpelle le Préfet dans le cadre du contrôle de légalité.
Le Préfet reconnaît l'aspect rétroactif de la délibération et demande au maire de la commune de prendre une nouvelle délibération.

Sachant que la maire n'est pas tenu par la décision du Préfet, je m'interroge doublement :
1° Le maire prend acte des conclusions du Préfet et délibère à nouveau. Cette dernière peut-elle prendre la forme d'une simple modification de la dernière délibération en modifiant la disposition ainsi "prend effet à partir du 13 avril 2016" ? Sachant que tout acte administratif ne peut avoir d'effet rétroactif, cette nouvelle délibération ne tombe pas sous le coup de cette rétroactivité ?

2° Si Le maire ne prend pas acte des conclusions du Préfet. Dans ce cas Le syndicat envoie son mémoire au TA. Si le TA annule ladite délibération, quelles en sont les conséquences ?

La date d'effet de la nouvelle délibération est-elle celle de cette nouvelle délib ou bien une simple modification de la première délibération prenant acte au 13 avril 2016 ?

Merci de tout coeur à celles et ceux qui prendront le temps de répondre à la présente.