Indemnité de sujet spéciale et contrat de formation professionnel

Bonjour,
En 2008 j'étais titulaire de la fonction publique hospitalière et ai bénéficié d'un contrat de formation professionnelle d'une durée de 24 mois à temps complet et durant laquelle mon employeur a continué de me verser mon salaire indiciaire sans autre prime ni indemnité conformément au décret n°90-319 du 5 avril 1990 abrogé par le décret n° 2008-824 du 21 août 2008 (voir l'art.8 de ce dernier).
En 2013 j'ai appris l'existence du décret n°90-693 du 1 août 1990 qui dans l'art.3 stipule:
"L’indemnité de sujétion spéciale est payable mensuellement, à terme échu. Elle suit le sort du traitement et ne peut être réduite que dans la proportion où le traitement lui-même est réduit."
et de la décision du Conseil d'Etat N° 324669 du 23/11/2011:
"Les dispositions de l’article 3 du décret n° 90-693 du 1er août 1990 relatif à l’attribution d’une indemnité de sujétion spéciale aux personnels de la fonction publique hospitalière, qui doivent être regardées comme dérogeant à la règle générale édictée par l’article 6 du décret du 5 avril 1990 selon laquelle est exclue la conservation des « autres indemnités et primes » lorsque la durée totale d’absence de l’agent pendant les heures de service excède une journée par semaine en moyenne dans l’année, imposent le versement de l’indemnité de sujétion spéciale lorsque l’agent en formation continue à bénéficier de son traitement."
J'ai donc demandé à mon établissement employeur de me verser cette indemnité, mais ce dernier a refusé au motif que la décision du Conseil d'Etat est postérieure à ma période de formation (bien que le Conseil d'Etat s'appuie sur un texte antérieur à ma période de formation).
J'ai donc envoyé une demande de recours gracieux à mon employeur qui au bout de 2 mois n'a donné aucune réponse.
J'envisage à présent de déposer une requête auprès du Tribunal Administratif.
D'après vous, ma demande est-elle recevable? La décision du Conseil d'Etat s'applique t'elle à partir de novembre 2011 ou peut elle s'appliquer à partir de la date du décret sur laquelle elle se fonde (décret du 1 août 1990)?
Merci pour vos réponses.