Bonsoir,
Vous parlez de deux choses différentes.
Vous devez récompense à la communauté des sommes qu'elle a réglées pour financer la construction d'une maison qui vous appartient en propre puisque édifiée sur un terrain propre. Cette somme sera donc portée à l'actif de communauté dans la liquidation-partage de celle-ci. Ce n'est pas une indemnité à verser à votre épouse, qui d'ailleurs ne peut prétendre qu'à la moitié, si la communauté comprend d'autres biens à partager entre vous.
Il appartient au juge de décider du versement d'une prestation compensatoire par l'un des époux et d'en fixer le montant (en tenant compte de la durée du mariage, des revenus, de l'âge, de l'état de santé ...).
Donc oui, le fait d'être redevable d'une prestation compensatoire n'efface en rien votre "dette" envers la communauté.