Bonjour,
Votre compagnon a-t'il reconnu sa fille, si oui, votre fille est aussi SA fille et il a autant de droits et d'obligations que vous envers elle.
Apparemment vous n'êtes pas mariés puisque vous parlez de séparation et non de divorce. Le papa de votre fille n'est donc pas votre "conjoint" (terme réservés aux couples mariés, ceux qui sont joints par mariage) mais il est votre concubin, votre compagnon.
Si votre compagnon veut une garde partagée (alternée) il pourra prétendre à l'avoir mais, ça, c'est le JAF qui décide.