probleme de séparation des biens

Bonjour à tous,

Voila ma situation,

Je suis divorcé depuis janvier 2007, hors 3 mois avant cette séparation nous avions un projet de construction pour lequel nous avions reçu l’accord des banques pour l’obtention des crédits. Pendant la procédure de divorce, j’ai décidé de conserver ce projet en prenant en intégralité le remboursement des prêts (avec l’accord de Madame, qui n’a déboursé aucune somme). Malheureusement (et par ignorance) je n’ai à l’époque pas régularisé cette situation ni à la Banque (chose faite ce jour) ni chez le notaire. J’ai mis 3 ans à finaliser mon projet en réalisant beaucoup de choses par moi-même et surtout en payant de ma poche certaines réalisations, les crédits n’étant pas suffisants.
A ce jour, madame et moi ayant voulu régler le problème notarial, il s’avère (qu’ayant découvert les lois, surtout Madame) que je dois verser une soulte conséquente à mon ex. J’ai du faire estimer ma maison et me retrouve sur cette base à lui verser la différence entre cet actif et le passif de mon crédit. De plus j’ai découvert que je dois verser une indemnité d’occupation mensuelle.
Pour ma défense, je dois donc soustraire la moitié de mes remboursements, la moitié de mes impôts fonciers mais le partie adverse me refuse le cout des matériaux et surtout de mon estimation de main d’œuvre. Je pensai etre dans mes droits selon l’article 555 du Code Civil.

Merci à tous ceux qui pourront m'apporter une réponse ou une piste à suivre.