Bonjour,
Malheureusement, malgré la réception hors délais de cette réponse, vous ne pouvez pas considérer que votre permis a été accepté de manière tacite. Si je me souviens bien, l'accord tacite ne peut pas être accepté si l'organisme a émis un avis (favorable ou défavorable), même si cet avis a été donné hors délais. A partir du moment où ils ont annoncé clairement leur refus, vous n'avez pas le droit de lancer vos travaux.