succession en cas d'usufrruit

Mon père a acquis sa résidence principale en 1989. Étant donné qu'à l'époque, il était en séparation de corps avec ma mère et qu'il ne voulait pas qu'elle puisse tirer bénéfice de ce bien immobilier, le notaire lui avait conseillé que ce soit nous, ma sœur et moi qui achetions (fictivement) la maison et qu'il soit usufruitier. A l'époque, ma sœur avait tout juste 18 ans, moi 23 et l'une, ni l'autre n'étions autonomes financièrement. Aujourd'hui, mon père vit en concubinage et nous avons un frère de 43 ans polyhandicapé depuis sa naissance et jugé incapable au sens juridique du terme.
Nous nous posons les questions suivantes :

Le montage de l'acte notarié pourrait-il fiscalement se retourner contre nous ou y a t-il prescription?

Comment faire pour que la compagne de mon père soit protégée si celui-ci décédait avant elle? Nous lui avons promis qu'elle resterait dans les lieux sans loyer mais elle voudrait être protégée légalement. Le fait qu'ils se marient changerait-il quelque chose?

En cas de décès de mon père, comment se passerait la succession en ce qui concerne le contenu de la maison, vis à vis de mon frère? Faudrait-il qu'il soit vendu pour qu'il ait sa part ou faudrait-il que ma sœur et moi donnions une part sur la valeur estimée par qui?)?

Merci par avance de vos réponses.