Selon l'article 53 du Code des marchés publics, "avant de procéder à l'examen des candidatures, le pouvoir adjudicateur qui constate que des pièces dont la production était réclamée sont absentes ou incomplètes PEUT demander à tous les candidats concernés de compléter leur dossier de candidature (...)".
L'administration concernée n'avait, par conséquent, aucunement l'obligation de vous donner la possibilité de compléter votre dossier.
En revanche, au regard du peu de candidatures reçues, il est évident qu'une telle position peut semblée curieuse et à tout le moins restrictive.
Reste qu'il ne s'agit manifestement pas là d'un moyen permettant seul de faire suspendre la signature du marché ou même de le faire annuler.
Il existe, en revanche, peut-être d'autres moyens juridiques ; il faut pour cela faire analyser l'ensemble des pièces du marché et de la procédure.
Le cas échéant, plusieurs voies de droit seront alors ouvertes en fonction des moyens juridiques susceptibles d'être retenus et de leur conséquence sur votre candidature (notamment en terme de recours au référé pré-contractuel).
Je vous conseille de consulter un avocat qui après examen des pièces du marché, vous conseillera au mieux de vos intérêts.