Refus de reconnaissance d'inaptitude au travail

Bonjour,

Je suis actuellement en arrêt maladie depuis juillet 2011(le 1er arrêt date de juin 2010 avec plusieurs périodes de reprise, puis re-arrêts) pour dépression suite au harcèlement moral au travail.

J'attaque mon employeur aux prud'hommes pour harcèlement moral et par conséquent demande la résiliation judiciaire de mon contrat de travail.La décision sera rendue le 26 avril 2012.

Entre temps, j'ai passé une visite médicale à la CPAM.Le médecin conseil estimme que mon état est stabilisé et que je peux reprendre le travail le 1er avril 2012!

J'ai rendez-vous à la médecine du travail demain,car le médecin conseil m'a dit que vu ma situation ,je pouvais me faire reconnaître inapte et donc me faire licencier.

Je suis contre le fait de me faire reconnaître inapte.D'une part, je faisais très bien mon travail .Etre reconnue inapte serait une opportunité pour mon employeur au procès.
D'autre part, qu'il ne faut pas se voiler la face, quand un futur employeur Y contactera mon employeur actuel X pour avoir des renseignements, X se fera une joie de lui dire que j'ai été licenciée pour inaptitude!(même si légalement il ne peut le faire).

Quels sont mes recours?
Puis-je me faire mettre en arrêt de travail par mon médecin traitant avec accord de la Médecine du travail, mais sans être indemnisée par la CPAM?
La Médecine du travail a-t-elle moyen de ma laisser en arrêt de travail jusqu'à la décision du jugement sans me déclarer inapte?

Merci beaucoup pour vos réponses.

Azur49