recours de demande de carte de resident

Bonjour,
Je vis une situation actuelle assez particuliere (excusez pour les accents car mon clavier est du qwerty). En effet je vis ici en France depuis Octobre 2001 en situation reguliere; j'ai suis diplome d'un DEA et d'une these depuis decembre 2005 a l'universite de Bordeaux. J'ai ete parallelement a mes etudes de doctorat contractuel en 2004 et vacataire en 2005 respectivement dans un college publique et un lycee publique en gironde.
En 2006 et 2007, j'ai ete ATER (charge de cours et de TD) a l'Universite et a l'UIFM dans le calvados; cette situation m'as permis d'avoir une carte de sejour de travailleur temporaire. Les contrats d'ATER sont des CDD renouvelables au plus deux fois.
En 2008, j'ai ete recrute sur un post-doc (CDD pour les titulaires d'un doctorat) pour travailler sur un projet de l'Union europeene a l'Universite Technique de Berlin.
Il s'agit d'un projet europeen entierement finance par l'Union Europenne et qui regroupe plusieurs universites europeennes (TU Berlin, Ecole, Polytechnique Paris, le centre de Recherche Europeen RISC en Autriche, etc. ). Depuis 2008 je suis titulaire d'une carte de sejour allemande. Parallelement je suis PACSE avec ma copine francaise depuis Novembre 2008 et avec qui je vis depuis 2006. J'ai donc une residence a Berlin et une residence en France.
En 2006, j'avais fait une demande de carte de resident aupres de la Prefecture; on m'a signifie qu'il fallait que je fasse trois ans d'abord avec le statut de travailleur temporaire et que je pourrais l'obtenir en ma quatrieme annee sous reserve de remplir les conditions d'acquisition.
J'ai relance mon dossier de carte de resident ce mois-ci; j'ai ete convoque pour un entretien republicain. Apparemment j'avais un bon dossier mais au dernier moment on m'a fait comprendre qu'il ya un probleme car je n'ai pas de carte de sejour francais etabli en 2008. En plus on me demande de repartir dans mon pays pour refaire un visa long sejour et reprendre tout a zero.
J'ai ecris au Prefet pour un recours gracieux depuis le 27/05/09 sans meme trop savoir si c'etait la demarche a suivre.
Quelqu'un pourrait-il m'aider concernant les demarches a suivre au cas ou il ya possibilite.
PS: je n'ai pas encore recu la reponse du prefet