La loi prévoit que la variation entre le loyer initial et le loyer du bail renouvelé ne peut pas dépasser celle de l'indice trimestriel du coût de la construction ou de l'indice trimestriel des loyers commerciaux, s'il est applicable.
Mais si la valeur locative a évolué, le loyer du bail renouvelé n'est pas plafonné.
Source : http://www.assistant-juridique.fr/loyer_bail_renouvele.jsp
Concernant les travaux et à défaut d'indication dans le contrat de bail, seules pèsent sur le locataire les menues réparations et les dépenses d'entretien courant du local : entretien des aménagements intérieurs, réfection des peintures... Toutes les autres pèsent sur le bailleur.
Source : http://www.assistant-juridique.fr/charges_bail_commercial.jsp