Bonjour,
Votre souci est à tiroirs ! Et il sont nombreux :
Qui est votre bailleur : le Cabinet médical ou avez-vous un bail propre ?
Votre contrat de location est-il à titre commercial ou professionnel ?
Le Cabinet médical et la maison mitoyenne sont-ils une seule unité de propriété ?
Voilà déjà les points au préalable à examiner en 1er lieu.
Sur les nuisances, il faudra là encore, ouvrir les tiroirs.
Par principe, on ne pas peut interdire de faire des travaux, sauf quand ils sont illégaux (construction sans permis de construire par exemple).
Qui plus est quand ils sont nécessaires, ce qui semble être le cas.
En effet, la pose de micro pieux est onéreuse. elle est requise quand la qualité du sol est mauvaise ou le terrain est truffé de cavités (cf. anciens terrains minier). Par évidence, ces travaux doivent être obligatoires.
Au delà, votre trouble sera dans tous les cas relatif à la nuisance empêchant la jouissance paisible qu'il faudra faire constater judiciairement.
De plus, il faudra démonter que ce trouble vous a causé un préjudice (perte de chiffre d'affaire, de clientèle, etc...). Mais vous ne pourrait pas obtenir gain de cause avant que les travaux ne démarrent.
Donc compte tenu du délai du chantier et des procédures, il est vraisemblable que les travaux soient terminés avant toute décision judiciaire.
Une telle instance n'est pas garantie d'aboutir : j'ai en mémoire un dossier comparable (au titre des nuisances) : lors des travaux de rénovation (colossaux !) de l'immeuble du Café de La Paix à Paris, les commerces installés à coté, faisant parties de l'immeuble et ceux mitoyens, ont été de fait neutralisés (perte de CA de l'ordre de 75%) pendant plus de 2 ans. Les commerçants ont été déboutés de leur demande d'indemnisation.
Donc le sujet, à mon avis, devrait être traité de la manière suivante : répertorier les clauses et modalités de votre contrat de location et de vos possibilités d'actions : échéance, délai de congé, etc...Ces données en mains, négocier avec le propriétaire. Si vous pouvez quitter les locaux, celui-ci préférera peut-être de vous faire une réduction de loyer ou une franchise totale durant les travaux plutôt que de voir partir un locataire sérieux.
J'espère avoir pu vous être utile. Bon courage.
cordialement