Bonjour,
L'agence n'a pas à se mêler de ça, elle va rendre le dépôt de garantie (pas caution), s'il reste quelque chose à rendre, au locataire en titre, donc votre ex.
Ensuite si ce sont vos parents qui avaient donné l'argent à l'époque, il serait normal que votre ex leur redonne ce que l'agence va lui rendre.
Mais comme je suppose qu'il n'y a pas eu d'écrit de fait mentionnant ce prêt, vous n'aurez pas de moyen de pression pour l'obliger à le faire.