A qui de payer, intempéries ?

Bonjour à tous,

Je fais appel à vous pour un "petit' problème avec mon ancienne agence immobilière. J'aimerais avoir quelques infos, savoir si ils sont dans leur droit etc...
Je vous expose mon problème:

J'étais locataire (en colocation) dans un appartement sans voisins du dessus (directement la toiture, pas d'étage au dessus de mon logement).
Durant août dernier, alors que je n'étais pas dans le logement, les violents orages on dû endommager la toiture, puisqu'au retour de mes colocataires ils se sont aperçu d'un fissure dans le plafond (une "petite" pas une crevasse non plus) là où pouvait s'infiltrer l'eau durant de forte pluies.

Ma colocataire à joint l'agence pour leur déclarer le problème, puisqu'il nous semblait que ce qui résultait d'intempérie incombait au propriétaire et donc à SON assurance.
Peu de réactivité de la part de l'agence qui nous à simplement dit de contacter nôtre assurance.
C'est là ou cela ce complique, n'étant pas sur le logement, et l'assurance n'était pas en mon nom, je n'ai pas pu l'appeler personnellement, et cela n'a pas été fait à ce moment là.

Au moment de l'état des lieux de sortie, en fin septembre. L'agent à remarqué une petite fissure, m'a dit qu'il ferait expertiser ça ou je ne sais quoi, mais qu'il fallait pas m'inquiéter, mais qu'il ne pouvait pas non plus répondre à mes questions concernant les conséquences de cette fissure.
Au moment de récupérer la caution, j'ai reçu une facture, m'expliquant qu'il y avait pour 689,29€ de réparation (en détail: enlèvement de BA 13 endommagé, pose de nouveau BA 13, rebouchage et peinture à deux couches, réchampissage des murs).
L'assurance à ce moment à donc été contacté, d'après eux il est trop tard puisque le contrat pour le logement n'est plus actif et que cela n'avait pas été déclaré.

Il y a plusieurs choses que je ne comprends pas, la conséquences d'intempérie sur la toiture, et non de dégradation du plafond depuis l'intérieur (qui serait alors de nôtre faute évidemment) nous incombe-t-on à nous ?
Les travaux qui on été effectué font suite à un problème de toiture, qui ne faisait donc pas partie intégrante de notre logement.
L'agence a-t-elle eu raison au moment de notre première déclaration ? N'aurait elle pas dû contacter le propriétaire afin qu'il fasse le nécessaire?
Pouvons nous être tenu responsable pour des causes de condition climatique et/ou de vices dans la toiture avant même notre arrivé?

Pour clôturer j'ajouterai afin de vous faire comprendre pourquoi je doute de l’honnêteté de cette agence. J'ai reçu un courrier récemment de la CAF me signalant un trop perçu car j'avais quitté mon logement depuis fin septembre et avait touché 2 mois en trop. Cet argent n'a jamais transité par mon compte puisque c'était mon agence qui recevait directement le versement CAF, elle a donc continué d'encaisser mes droits tout en sachant pertinemment que je n’habitai plus le logement.

Merci de votre aide, tous vos conseils me seront utiles

Matéo