Bonjour,
Il est normal que le bailleur ait refusé que vous reveniez faire les travaux. C'est avant l'état des lieux qu'il faut faire cela, après, c'est du ressort du bailleur.
Les 90€ qui vous ont été retenus doivent être justifiés par un devis ou une facture (un devis suffit). Peu importe ensuite si ce n'est pas l'entreprise qui a fait le devis qui fait les travaux (voir même si les travaux ne sont pas faits).
Mais avant tout, il faut vérifier en comparant l'état des lieux d'entrée et celui de sortie que la dégradation de ce joint était notée...