Partage de biens, séparations concubins

Bonjour, je suis séparée de mon ami depuis 5 ans mais nous songeons seulement maintenant à faire la séparation des biens. Maison et une SCI. Nous souhaitons faire un échange des parts de chacun dans les biens. Je cède ma part de la SCI à mon ami et il me cède sa part de la maison. Sur un plan notarial, comment devons nous faire ? Un avenant à l'acte notarié ? Mais sur quelle valeur ? J'ai assumé les deux maisons seules depuis notre séparation à ce jour, excepté pour la SCI ou il est venu m'aider depuis MAI 2014. Avant j'ai tout assumé seule de Octobre 2010 à Mai 2014. Pour la SCI. Pour la maison j'assume seule puisque je suis la seule qui y réside. Il serait tout de même question que je lui verse 25 000 ou 50 000 euros selon le cas de figure ou je rachète tout ou seulement la maison. Nous souhaitons minimiser les frais, que les propriétaires réels figurent sur les actes de propriété, que l'on ne soit pas imposé... C'est compliqué comme situation et j'ai beaucoup de mal à y voir clair. Sachant que si l'on clarifie tout cela se sera courant Juin 2015. Merci d'avance de vos éclaircissements

bjr,
pour modifier la propriété des biens immobiliers, il faut impérativement passer par un notaire qui établira les actes de mutations immobilières.
ces mutations pouvant être la conséquence de donations ou de vente entre propriétaires.
donc la première démarche est de consulter un notaire.
cdt