Réserve sur non-opposition à une déclaration préalable

Bonjour,

J’ai une question par rapport à une déclaration préalable pour l’aménagement de combles et la création de 4 fenêtres de toit.

Le 20 février 2019 je dépose ma première déclaration préalable. Je suis notifié le 8 mars 2019 qu’il manque des pièces au dossier, que je complète le 21 mars 2019. Le délai de 1 mois commence donc à partir de cette dernière date.
Le 21 avril 2019 n’ayant rien reçu de la Mairie je considère que ma DP est implicitement acceptée dans les termes rédigés concernant la taille, la position et la couleur des fenêtres de toit.
En date du 30 avril 2019 je reçois un arrêté de la Mairie, m’informant qu’il est fait non-opposition à ma DP mais avec des réserves venant de la Direction du Patrimoine et de l'Archéologie qui m’imposent des positionnements des tailles et des couleurs.
Question 1 : étant donné que cet arrêté est arrivé 9 jours après l’accord implicite (délai de 1 mois) dois-je en tenir compte ?
Question 2 : si je n’en tiens pas compte, la Mairie sera-t-elle dans son droit de me refuser la conformité des travaux ?
Question 3 : si je n’ai pas le certificat de conformité, quelles sont les conséquences ?

Suite à cet arrêté j’ai quand même contacté le service d’urbanisme et la Direction du Patrimoine et de l'Archéologie pour trouver une solution. Après discussion/négociation avec Direction du Patrimoine et de l'Archéologie, nous avons trouvé un terrain d’entente c’est-à-dire rendre un avis allant dans le sens de ce que nous avions convenu. Donc j’ai repris contact avec le service de l’urbanisme qui m’a dit qu’il ne peut pas annuler ou modifier l’arrêté malgré un nouvel avis de la Direction du Patrimoine et de l'Archéologie. Le service de l’urbanisme me dit qu’il faut que je fasse une nouvelle DP, en mentionnant ce qui a été accepté par la Direction du Patrimoine et de l'Archéologie.
Question 4 : Si je fais une nouvelle DP, la première DP (qui a été acceptée) reste-t-elle valide ?
Question 5 : Si cette nouvelle DP est refusée, la première reste-t-elle valide ?

Dans l’attente de vos réponses, merci.
Cordialement.