Bonjour,
En matière d'urbanisme, l'article L.111-12 dudit Code dispose :
" Lorsqu'une construction est achevée depuis plus de dix ans, le refus de permis de construire ou de déclaration de travaux ne peut être fondé sur l'irrégularité de la construction initiale au regard du droit de l'urbanisme.
Les dispositions du premier alinéa ne sont pas applicables :
a) Lorsque la construction est de nature, par sa situation, à exposer ses usagers ou des tiers à un risque de mort ou de blessures de nature à entraîner une mutilation ou une infirmité permanente ;
b) Lorsqu'une action en démolition a été engagée dans les conditions prévues par l'article L. 480-13 ;
c) Lorsque la construction est située dans un site classé en application des articles L. 341-2 et suivants du code de l'environnement ou un parc naturel créé en application des articles L. 331-1 et suivants du même code ;
d) Lorsque la construction est sur le domaine public ;
e) Lorsque la construction a été réalisée sans permis de construire ;
f) Dans les zones visées au 1° du II de l'article L. 562-1 du code de l'environnement."
La demande relative à votre second permis de construire semble donc vouée à l'échec.
Surtout, le fait d'avoir d'avoir réalisé une construction sans permis constitue un délit dont la prescription court au jour de l'achèvement des travaux (Crim., 18 mai 1994, Bull. crim. 1994, n° 197, p. 454), sauf si, entre-temps, un acte interruptif de prescription est intervenu.
A défaut d'un tel acte interruptif, il semble que le délit soit prescrit et qu'aucune poursuite pénale ne puisse être engagée.
Pour autant, une action civile (un voisin notamment en cas de nuisances) pourrait néanmoins aboutir à la destruction (rare mais possible) de l'immeuble ou à l'indemnisation d'un préjudice.
Je pense que vous devriez envisager, soit de ne pas procéder aux nouveaux travaux, soit de déposer un "permis de régularisation" sous réserve que votre construction initiale répond aux prescriptions du code de l'urbanisme.
Enfin, vous évoquez la présence d'un "maître d'oeuvre" et que vous auriez fait confiance à "l'entrepreneur" ... peut-être faut-il envisager, si jamais vous deviez subir des désagréments concernant cette construction, d'engager leur responsabilité contractuelle.
Il ne s'agit bien évidemment que de pistes puisque je n'ai pas les contrats, les plans, etc. et pour reprendre les termes généralement utilisés "ceci ne constitue pas une consultation juridique".
Bon courage