Bonjour,
Une maladie est soit d'origine professionnelle, soit non professionnelle. La pension d’invalidité est accordée pour des maladies non professionnelles.
Si vos maladies sont reconnues professionnelles, si vous avez des séquelles de la maladie professionnelle lors de la consolidation, le médecin conseil vous accordera un taux d’IPP, incapacité permanente partielle.
La question normalement ne devrait pas se poser comme vous le faites, car on ne choisit pas entre maladie professionnelle et invalidité. D'ailleurs, la comparaison à faire serait entre maladie professionnelle et maladie non professionnelle, puis entre IPP et invalidité. C'est l'origine de la maladie qui détermine le choix.
Ceci étant, la maladie professionnelle est bien plus favorable que la non professionnelle sur le plan de la sécurité sociale et sur le plan du droit du travail (si vous devez être reconnu inapte au travail par le médecin du travail, les conditions de licenciement pour inaptitude sont bien plus favorables).
Bien cordialement.
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Site : Licenciement pour inaptitude