accident de travail et salaire

Bonjour,
Je suis en AT depuis le 22/06, suite à une tendinite à l'épaule. J'ai travaillé 3 semaines/4 en juin et, malgré tout, mon employeur ne m'a versée que 400€ de salaire (mon salaire habituel est d'au moins 1200€ net). Ceci s'explique par le fait qu'il m'a décomptée, sur ce seul salaire, la semaine d'arrêt de fin juin, mais aussi les 15 jours premiers jours de juillet (il m'a ôtée les IJSS alors que je n'ai perçu aucune indemnité depuis que je suis arrêtée; la sécu m'ayant expliquée qu'il n'avait pas fournit les fiches de paie pour calculer le barême de dédommagement. comment peut-il se permettre de me déduire cette somme avant même qu'elle ne soit calculée et versée??). L'inspection du travail m'a dit qu'il n'avait pas le droit de faire figurer les jours d'arrêt de juillet et que, donc, mon salaire est bien inférieur à ce que j'aurais dû toucher, d'autant plus que ma convention (métallurgie) prévoit qu'en cas d'AT je sois rémunérée à 100%. On m'a conseillé d'envoyer un courrier en recommandé à mon employeur pour faire régulariser la situation.
N'ayant pu joindre un autre conseiller, je poste donc ici mes questions.
1) Pourriez-vous me donner des conseils concernant la manière dont je devrais tourner mon courrier et quels sont les points à mettre en avant pour obtenir réparation au plus vite?
2) Me conseillez-vous d'en envoyer une copie à l'inspection du travail pour me couvrir en cas de refus, voire de représailles, de mon patron?
3) Officiellement, les congés payés de mon entreprise ont débuté le 24/07. Dpuis le 23/07, mon médecin a prolongé mon AT, mais sous le régime des soins (j'ai 2 séances de kiné par semaine), ce qui me permet d'avoir des horaires libres. Ce paramètre change-t-il mon statut d'arrêt, de manière à ce que mon employeur décompte mes CP comme si j'étais réellement en vacances? Ou est-ce que je les conserve pour après mon retour?
4) Enfin, si je conserve mes CP, ai-je le droit de les poser quand je le souhaite? Mon employeur a-t-il le droit de les utiliser pour combler un compteur temps négatif (suite à une longue période de chômage partiel, de février à mai. chômage partiel non clôturé à ce jour)?
Merci d'avance de vous pencher sur mon cas et de bien vouloir m'aider.
Cordialement.