bjr,
la réponse est oui même si la pratique des certificats médicaux permettant de prolonger un séjour à l'étranger est une pratique relativement courante. votre question en est d'ailleurs l'illustration.
concernant votre patron, il ne peut pas mettre en doute la validité de ce certificat médical mais vous ne pourrez pas lui interdire d'en tirer certaines conséquences surtout si cela se reproduit tous les étés.
il existe des conventions entre la france et certains pays et qui permettent à la CPAM d'effectuer des contrôles.
cdt