A l’issue du référendum de 1958, les Comoriens choisissent le statut de territoire d’outre-mer et, en 1972 les premiers signes du nationalisme se manifestent. La lutte pour l’indépendance de l’archipel aboutit finalement à l’organisation d’un référendum le 22 décembre 1974. Le « oui » l’emporte avec 95% dans l’ensemble de l’archipel, excepté à Mayotte qui décide de rester rattachée à la France et dont elle devient une collectivité territoriale.
Le 6 juillet 1975, Ahmed Abdallah, grand commerçant d’Anjouan, proclame unilatéralement l’indépendance des Comores et devient, deux jours plus tard, le premier président du nouvel Etat souverain. Depuis lors, le pays a connu une longue période d’instabilité qui a mobilisé les efforts de la Communauté internationale en général et, particulièrement, de l’Organisation Internationale de la Francophonie.